Так, из материалов дела, рассмотренного Президиумом ВАС РФ (Постановление от 17 января 2006 г. N 9213/05), следует, что организация-покупатель рассчитывалась с поставщиком за поставленную автотехнику путем зачета взаимных требований. Между сторонами не было достигнуто согласие о размере задолженности. К определению суммы задолженности покупателя перед поставщиком суд привлек экспертов-бухгалтеров.
Аналогичные задачи ставятся перед судебно-бухгалтерской экспертизой и при рассмотрении налоговых споров. 
 Как следует из Постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 27 января 2005 г. по делу N Ф04–9676/2004(7951–А81–19), налоговый орган провел выездную налоговую проверку правильности исчисления и своевременности перечисления предпринимателем Г. налога на доходы физических лиц, страховых взносов в Пенсионный фонд РФ и фонды обязательного медицинского страхования.
По результатам проверки было принято решение о привлечении Г. к налоговой ответственности, взыскании налогов, страховых взносов и пеней. Основанием для этого послужил вывод налогового органа о занижении предпринимателем дохода в результате неполного отражения выручки от реализации товаров и завышения расходов. Спорный эпизод касался учета для целей налогообложения выручки за реализованный, но в дальнейшем возвращенный покупателями товар. Налоговый орган утверждал, что при отсутствии актов возврата денежных средств стоимость возвращенного товара не должна исключаться из выручки.
Однако в процессе инвентаризации было установлено полное соответствие остатков товаров учетным данным. По заключению бухгалтерской экспертизы факты отсутствия у предпринимателя актов возврата денежных средств, на основании которых налоговым органом сделан вывод о занижении предпринимателем доходов, при отсутствии документально и фактически неучтенных (не оприходованных) товаров не могут достоверно свидетельствовать о занижении налоговой базы.
Указанное решение характеризует еще один важный аспект судебно-бухгалтерской экспертизы. Заметим, что в рамках рассматриваемого спора перед экспертом-бухгалтером не стояла задача доказать наличие или отсутствие факта занижения налогоплательщиком налоговой базы. Эксперт лишь указал на необоснованность доводов налогового органа. Согласно ст. 65 АПК РФ обязанность доказывания обстоятельств, послуживших основанием для принятия государственными органами, должностными лицами оспариваемых актов, решений, возлагается на соответствующий орган или должностное лицо. Обязанность по доказыванию факта налогового правонарушения и виновности лица в его совершении – на налоговые органы (п. 6 ст. 108 НК РФ). Неустранимые сомнения в виновности лица, привлекаемого к ответственности, толкуются в пользу этого лица. Учитывая, что налоговый орган не представил арбитражному суду достоверных доказательств, опровергающих выводы бухгалтерской экспертизы, суд кассационной инстанции признал доначисление налога предпринимателю незаконным.